本发明提供了一种板卡结构、X射线平板探测装置、系统及其控制方法，其中，板卡结构包括：相互独立的底板、主控板、ROIC板和栅极驱动板；底板被划分为主控区、读取区和扫描区，底板包括设置在主控区的第一FMC接插件，设置在读取区的第二FMC接插件以及设置在扫描区的第三FMC接插件；主控板包括用于与第一FMC接插件耦接的第一FMC接口，ROIC板包括用于与第二FMC接插件耦接的第二FMC接口，栅极驱动板包括用于与第三FMC接插件耦接的第三FMC接口；其中，主控板用于获取控制指令，根据控制指令通过底板向ROIC板加载第一控制信号以及向栅极驱动板加载第二控制信号，获得被测对象的图像数据。