本发明公开了一种河湖水系有序流动调控方法和系统，采集预定区域的研究数据，构建水安全指标备选集合；获取预定区域的地理和水文数据，构建区域水系拓扑和动力需求，对所述区域水系拓扑进行预处理；构建区域水动力模拟模型并率定，获取输入数据并基于区域水系拓扑和动力需求构建约束条件，采用预配置的算法求解区域水动力模拟模型，获得预定组动力重构方案，形成重构措施集；以水安全评价指标为目标函数，结合重构措施集构建河湖水系有序调度模型和约束条件，并采用预置方法进行降维和决策，获得联合优化调度方案。本发明提供了一种分析计算方案，可实现河湖水系有序流动调度多属性决策的精简化建模与方案优选。