本发明涉及消毒液制备技术领域，尤其涉及一种高效超浓缩脂肪酸消毒原液及其制备方法与应用。本发明提供了一种高效超浓缩脂肪酸消毒原液，由包括如下质量份数的组分制备而成：辛酸，草酸，癸酸，十一酸，烷基糖苷磺基琥珀酸酯钠盐，醇醚糖苷，甘油，乙二醇，十八醇硬脂酸酯，封端聚醚。本发明的目的在于提供一种脂肪酸含量较高，节约运输成本，抗硬水能力强，在规定的稀释倍数下澄清透明，高效安全，低泡易冲洗，具有良好的杀菌性能，稳定性好的一种高效超浓缩脂肪酸消毒原液，该原液可用于食品接触表面、金属硬表面、食品加工业、公共场所的杀菌消毒剂。