本发明属于深小孔加工制造领域，具体涉及一种电火花与电化学复合微细深孔加工系统和方法，方法包括S010：加工循环开始，S015：工具电极随主轴垂直向下进给对刀并检测工具电极首部质量，S020：判断工具电极与工件是否短路接触，若否转入S015，若是转入S025；S025：工具电极回退至原点位置，S030：设置进给速度，S035：接通脉冲发生器、启动电化学工作液供给泵；S040：工具电极进给加工；S045：判断加工状态是否正常，正常转入S055；不正常，转入S050；S050：暂停加工，S055：判断加工进给是否完成，若否转入S040，若是转入S060；S060：断开脉冲发生器、关闭电化学工作液供给泵；S065：工具电极回退至初始位置。本方法结合了电火花高速穿孔和电化学加工的优点，加工范围广、效率高。