本发明涉及一种抗霉耐水β型建筑磷石膏自流平砂浆及其制备方法，属于石膏基砂浆和建筑材料技术领域。所述砂浆由以下重量份的组分组成：抗霉防水组分1～7份、β型建筑磷石膏100份、缓凝型减水剂1～4份、保水剂0.05～0.2份、紧密堆积骨料10～20份、复合粉体1～30份，水25～50份；本发明以β型建筑磷石膏为主要原料制备耐水型自流平砂浆，通过防水组分与复合粉体协同作用，有效提升磷石膏耐水性；通过缓凝型减水剂及紧密堆积骨料中砂的级配技术保证自流平石膏砂浆的大流动性与高强度；所述砂浆软化系数在0.85以上，饱和吸水率在6％以下，抗压/抗折强度在25～45/6～14MPa，低收缩，操作简便，施工效率高。