本发明属于植物病毒防治技术领域，具体涉及一种短小芽孢杆菌F1‑3及其在植物病毒防治中的应用，该短小芽孢杆菌F1‑3已于2022年12月13日保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏地址为中国.湖北.武汉大学，其保藏编号为：CCTCCNO：M 20221959；分类命名为：短小芽孢杆菌Bacilluspumilus。采用本发明的短小芽孢杆菌F1‑3对植物进行灌根处理或者叶面喷施处理后，能有效的降低烟粉虱传播番茄褪绿病毒和番茄黄化曲叶病毒的传毒率，可应用于番茄褪绿病毒和番茄黄化曲叶病毒的田间防控，作为番茄褪绿病毒和番茄黄化曲叶病毒的生物防治制剂用菌具有良好的应用前景。