本发明公开了一种小麦族物种Ns基因组特异KASP分子标记引物及其应用，涉及分子标记辅助育种技术领域，该分子标记引物包含两个引物组，分别为核苷酸序列如SEQ ID NO.1～3所示的引物组KP1A‑440448839，和核苷酸序列如SEQ ID NO.4～6所示的引物组KP4D‑349184744。本发明提供的KASP分子标记引物不仅可用于普通小麦背景中Ns基因组的快速检测，也可用于小麦族所有包含Ns基因组物种的染色体或染色体片段鉴定，且能准确鉴定区分Ns和其他小麦近缘物种基因组，这为小麦族系统进化、种质资源鉴定和分子标记辅助选择育种提供了基础。