本发明提供一种短壁综采工作面采充分离充填方法，涉及煤炭技术领域，短壁综采工作面采充分离充填方法包括：根据顶板稳定性的不同将综采工作面划分成多个第一预定长度的短壁综采充填工作面；在短壁综采充填工作面设置短机身单滚筒采煤机和支架；将填充管路设置于进风巷道和采空区域的顶板；当工作面向前推进第一预定距离时，在采空区域沿平行于工作面的方向间隔设置多个支撑柱；将挡板设置于相邻两个支撑柱之间；通过填充管路向采空区域充填膏体。通过在工作面向前推进第一预定距离之后再进行充填作业，实现了短壁充填工作面采煤工序和充填工序分离，两个工序互不干扰，实现了工作面的快速推进。