本申请涉及一种水下地形数据处理方法、装置、电子设备以及存储介质，该方法包括：获取待测区域的原始测深数据；对原始测深数据进行预处理，获得预处理后的原始测深数据；根据预处理后的原始测深数据，构建海床面的网格水深值；海床面的网格水深值包括若干个第一网格点的水深值；将待测区域划分为若干个第二网格点，遍历每个第二网格点，根据每个第二网格点所在的预设滑动窗口内的全部第一网格点的水深值，获得每个第二网格点的水深值；根据每个第二网格点的水深值，获得水下地形图。本申请实施例大幅度降低了人工工作量，同时也形成了一体化的标准处理流程，弱化了数据处理工作对内业人员的经验依赖性，提高了水下地形数据处理效率和精度。