一种多园区的综合能源参与辅助服务的控制方法及系统，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，基于专家意见获取多个综合能源园区中理性程度的多个评价指标进行评分，以获取样本矩阵；步骤2，采用白化权函数，对每一个评价指标进行理性程度分类，并基于层次分析熵权法为每一个评价指标分配权重，从而获取单个综合能源园区的理性程度；步骤3，采用蒙特卡洛抽样模拟多个综合能源园区参与单次辅助服务的状态，计算所述综合能源园区的单次服务代价，以及基于多次模拟获取综合能源园区的服务代价期望值；步骤4，基于服务代价期望值与预先规划的差异，实现对于多个综合能源园区参与辅助服务的最优控制。本发明构思巧妙，结果准确，具有较高的实用价值。