本发明提供一种基于信号自同步注入的阻抗检测防孤岛保护方法，包括：基于电气突变量发现系统运行异常的分布式电源首先注入高频电流脉冲，并在电网中形成高频电压脉冲信号；系统中各分布电源检测到高频电压脉冲后利用其过零点同步注入包含三种不同频率的孤岛检测信号；各分布式电源采集系统电压、电流波形，计算三种频率下系统阻抗角；依据设定的判定阈值对系统阻抗角测量结果进行孤岛运行状态判断。本发明可直接集成于现有逆变电源类分布式电源成熟的控制平台之上，不涉及额外的硬件投资，成本低廉；同步注入孤岛检测信号保证了系统阻抗角测量结果的精度；用三种频率系统阻抗角的测量结果进行孤岛判断保证了孤岛检测可靠性。