本发明公开了一种小数分频系统、方法及芯片，其中，小数分频系统包括时钟分频控制模块、小数计数模块、整数计数时钟生成模块和整数计数模块，其中，时钟分频控制模块被配置为提供预设周期数、预设小数分频值和预设整数分频值；小数计数模块被配置为根据预设周期数配置小数计数起始值，并在检测到整数计数模块的触发信号时进行小数计数值减1计数；整数计数时钟生成模块被配置为根据小数计数值和预设小数分频值生成屏蔽窗口信号，并在预设分频时间内利用屏蔽窗口信号对源时钟进行屏蔽，以生成整数计数时钟；整数计数模块被配置为在检测到整数计数时钟的上升沿时进行整数计数值加1计数，并在整数计数值达到预设整数分频值时，输出最终分频时钟。