本发明公开了一种对嵌入式设备文件进行远程比对的方法及系统，其中方法包括：远程主站发送待比对文件至嵌入式设备，远程主站及嵌入式设备存储待比对文件以及对应的文件名；远程主站在待比对文件的随机位置去除预设长度的第一文件内容，并计算第一剩余文件内容的第一校验码；远程主站将待比对文件的文件名、随机位置及预设长度发送至嵌入式设备；嵌入式设备基于待比对文件的随机位置去除预设长度的第二文件内容，并计算第二剩余文件内容的第二校验码；远程主站获取第二文件内容以及第二校验码，并将第一文件内容与第二文件内容进行一致性比对，以及第一校验码与第二校验码进行一致性比对；当比对结果均为一致时，确定嵌入式设备存储的待比对文件为正常。