本发明提供一种低聚甘露糖过滤机及其过滤方法，涉及低聚甘露糖生产设备技术领域。该低聚甘露糖过滤机，包括台座，所述台座的前端左侧固定连接有第一电机，所述第一电机的驱动端中部固定连接有齿轮，所述第一电机的驱动端前方固定连接有传动杆，所述传动杆的底端转动连接有连杆，所述连杆的底端转动连接有拉杆，所述拉杆的底端固定连接有活塞板，所述活塞板的外侧固定连接有密封橡胶圈。通过设置环绕型的滤布结构，能够在滤布对低聚甘露糖进行过滤后自动运行到清洗区域进行清洗，并且清洗时滤布过滤的一面朝下，能够大大提高滤布的清洗效果，保证的过滤的正常进行，避免了中途需要更换或清洗滤布的麻烦，提高了工作效率。