本发明涉及一种促生长型复合微生物肥料的制备及其在茄科作物番茄上的应用，属于复合肥技术领域，包括以下步骤：首先在载体球形颗粒表面粘附一层聚多巴胺，再在聚多巴胺表面螯合微量元素Fe2+和Zn2+，然后将发酵菌液喷涂在聚多巴胺表面，并在发酵菌液表面喷涂一层糖蜜，再在糖蜜表面电喷涂一层聚多巴胺，最后再粘附一层矿物质粉，得到复合微生物肥料。本发明技术方案中，制备的复合微生物肥料在保存过程中微生物的存活率高，在土壤中不易受到暴晒和水淹的影响，可以促进番茄生长，增加番茄单果重、糖度和维生素C含量，增加番茄抗青枯病和枯萎病抗逆性，改善土壤环境。