一种分离甲基麦冬黄烷酮A和甲基麦冬黄烷酮B的方法，属于天然药物化学技术领域。该方法包括：以含甲基麦冬黄烷酮A和甲基麦冬黄烷酮B的混合物为原料，完全溶解于乙酸乙酯混合溶剂中，得到原料液；以离子液体‑水组成的二元混合溶剂为萃取剂，以原料液溶剂相同的溶剂为洗涤剂，进行分馏萃取；将萃余液经真空浓缩、水洗及干燥，得到甲基麦冬黄烷酮B，将萃取液经乙酸乙酯反萃取、真空浓缩、水洗及干燥，得到甲基麦冬黄烷酮A。经本发明分离方法获得的甲基麦冬黄烷酮A的纯度为：绝对纯度＞90％，经本发明分离方法获得的甲基麦冬黄烷酮B的纯度为：绝对纯度＞95％。