本发明公开了一种计算修正后的二次绕组输出谐波电压信号的方法及系统。该方法，包括：计算各次谐波下高压电容C1和中压电容C2并联的等效电阻RC、等效容抗XC‑h和等效阻抗值ZC‑h；测量电磁单元输入阻抗，结合所述等效阻抗值ZC‑h，计算各次谐波频率下的电容修正系数K1‑h；测量电磁单元的频响特性，计算各次谐波频率下的电磁修正系数K2‑h；根据所述电容修正系数K1‑h和所述电磁修正系数K2‑h，计算各次谐波频率下二次绕组测量电压修正系数Kh；傅立叶分解二次绕组两端输出电压信号U2，得到谐波分量U2H，并根据所述电压修正系数Kh对所述谐波分量U2H进行修正，确定修正后的二次绕组输出谐波电压信号U2Hd。