本发明提供岸基阵坐标联合校准方法、系统、电子设备及存储介质，属于被动声纳探测技术领域，包括：基于长基线定位法，利用声速表、修正时延和声源船全球定位系统信息得到岸基阵的初始阵元坐标；利用阵元运动方向和阵元间固有间距对所述初始阵元坐标进行联合校准，得到阵元校准坐标。本发明通过基于长基线定位与利用阵元运动方向和固有间距优化平滑的任意阵形岸基阵坐标联合校准方法，实现对任意阵形岸基阵的高精度坐标校准，能有效解决现有方法中需借助姿态传感器、阵元标校存在累积误差，标校阵元之间独立无关联性以及标校精度低等问题。