本发明公开了一种基于多目标贝叶斯优化的流动化学工艺优化方法，可以对两个目标进行优化，该方法的步骤包括：根据不同的流动化学实验来确定各个反应参数的取值范围，根据预设的反应参数取值范围来构建初始采样集，用目标函数或者人工实验来获得初始数据集，高斯模型根据初始实验数据构建预测模型，再根据贝叶斯后验更新的实验数据来更新模型，采集函数根据预测结果推荐在预设范围内的下一采样点，达到预设要求后，以图表的格式输出优化参数。本发明能够在一定程度上减少实验次数，降低实验成本，用最少的实验次数来获得尽可能多的实验信息。