本发明公开了一种电抗器零序差动保护方法及系统，基于目的区域的输电线路保护与电抗器保护中存在的定值重叠，设置重叠定值整定，并将输电线路保护与电抗器保护集成到同一台继电保护装置中，完成线路保护与电抗器保护一体化；利用电抗器零序阻抗与电力系统及线路零序阻抗数值上的差异，采用输电线路两端较大的零序电流作为零序差动保护的制动电流。通过一体化设计重叠定值可以优化，减小定值数量，降低运维工作人员定值整定的工作量；利用电抗器零序阻抗与系统及线路零序阻抗数值上的差异，采用线路两端较大的零序电流作为零序差动保护的制动电流；优化后电抗器零序差动在区外故障时具有更强的制动性，提高电抗器零序差动保护的可靠性和灵敏性。