本发明公开了一种平板玻璃组合式立交移栽输送系统以及输送控制方法，其中，平板玻璃组合式立交移栽输送系统设置于生产线的主线和支线的节点上，包括：装置主体和控制系统，装置主体包括：固定辊道组件、立交运动组件、第一皮带输送装置和第二皮带输送装置，第一皮带输送装置和第二皮带输送装置沿第一方向依次设置于固定辊道上，第一皮带输送装置和第二皮带输送装置分别与立交运动组件连接，立交运动组件用于驱动第一皮带输送装置和第二皮带输送装置的升降运动。通过对本发明的应用，可实现对超大尺寸玻璃板以及中小尺寸多分玻璃板成组的转向输送或下穿立体输送，并可更好地与生产节拍相适配，提高了玻璃板输送的准确性和效率。