本发明公开了一种功能菌结合MABR工艺强化吡啶降解同步短程脱氮的方法。本发明依据MABR工艺中生物膜的生态位特性，将吡啶降解功能菌株根瘤杆菌NJUST18接种物、硝化污泥以及反硝化功能菌株脱氮副球菌NJUST53接种物依次进行了挂膜。挂膜后形成的生物膜中好氧层的根瘤杆菌以吡啶作为唯一碳源、氮源进行生长，硝化细菌利用吡啶降解产生的氨氮进行硝化过程。缺氧层的脱氮副球菌利用硝化过程产生的亚硝态氮/硝态氮以及吡啶进行反硝化脱氮。另外，通过控制曝气压力以及进水pH抑制亚硝酸盐氧化细菌的活性，从而实现强化吡啶降解同步短程脱氮。