本发明涉及一种生产(R,R)‑2,3‑丁二醇、乙偶姻和四甲基吡嗪的基因工程菌株及应用，属于基因工程技术领域。所述基因重组工程菌株MW‑BS1，该菌株的保藏编号为CCTCC No：2022436，保藏日期为2022年04月20日，保藏单位为中国典型培养物保藏中心，保藏地址为中国、武汉、武汉大学，命名为Bacillus subtilis MW‑BS1。本发明通过控制发酵过程中的代谢流方向，获得不同的目标产物(R,R)‑2,3‑丁二醇、乙偶姻或四甲基吡嗪，相较于单一产物的工程菌株，本发明利用一种菌株实现多种产物的生产，且产量可观，在工业化生产上可以降低菌种成本，提高生产效益。