本发明公开了一种基于独立成分分析的纳米孔传感信号噪声去除方法及装置，方法包括：使用纳米孔传感器信号采集设备同步采集纳米孔电流信号#imgabs0#和偏置电压信号#imgabs1#；并将所采集到的电流信号#imgabs2#和电压信号#imgabs3#进行去均值及白化预处理，得到二维信号矩阵#imgabs4#；将非相关性的信号矩阵#imgabs5#进行独立成分分离，得到纳米孔过孔信号和背景噪声两个分量信号；结合频谱匹配算法，识别出包含纳米孔过孔信号信息的分量信号；通过快速恢复算法识别出的分量的方差和幅值，得到能用于特征识别的去噪纳米孔过孔信号#imgabs6#。本发明能够有效去除背景噪声和伪迹，保留纳米孔易位信号的瞬态特性，提高纳米孔易位信号测量和特征识别精度。