本发明公开一种基于区块链的数据安全销毁方法、系统及电子设备，涉及数据处理技术领域。本发明提供的基于区块链的数据安全销毁方法，通过对分割后的数据进行加密以形成便于数据控制者处理的数据集，然后从数据集中选择部分分割后的加密数据进行存在性验证，并基于验证结果确定数据存储系统是否存在与选择的加密数据相对应的数据，如果存在则删除，并生成数据密钥销毁指令以便销毁密钥管理系统中与数据对应的密钥，实现数据的彻底销毁，进而为数据安全提供有利保障。