本发明公开了一种引调水工程系统动力学风险分析方法及系统，综合考虑了引调水工程影响因素的复杂性和难以量化性，可借助计算机工具定性定量地实现风险评估。该方法首先确定引调水工程系统的时间边界和空间边界，然后确定影响引调水工程安全的因素类型和风险因子并构造层次分级结构，再运用系统动力学理论构建反馈模型，进行系统内部结构的分析，并确定各风险因子间的因果关系，最后通过模型中反馈回路的数量确定各风险因子对引调水工程风险的影响程度。本发明可将复杂的引调水工程系统安全问题拆解为若干个局部风险因子间客观存在的因果关系，从而提高其在引调水工程风险分析的适用性和可行性，故可作为引调水工程风险评估的一种新途径。