本发明公开了一种流域尺度的水电功能分区方法：划分分区单元；确定一级、二级和三级指标；制作一级、二级分区图；分别以大型、中型、中型以上水电站的三级指标，做水电开发聚集性评价，得到基于分区单元的流域聚集性评价结果；采用热点分析方法识别水电开发具有聚集性的分区单元，得到水电开发热点区分布结果；叠加得到分区单元水电开发影响评价分布结果；叠加分区单元水电开发影响评价分布结果和流域二级分区图，得到流域水电功能分区图。本发明用以解决现有技术中的流域分区方法无法体现水电工程开发影响的问题，实现在水电工程的维度下进行水生态功能分区，为探究水电开发对流域生态环境安全状况的影响提供更为科学的分区方法的目的。