本发明提供了一种水包油亚微乳体系及其制备方法与应用，属于食品技术领域。在本发明的水包油亚微乳体系中，水包油液滴的平均粒径为300nm至500nm，水包油液滴中粒径为300nm至500nm的液滴占比为90%以上；所述水包油亚微乳体系由油相成分和水相成分组成，其中油相成分的质量占体系总质量的20.86%至25.82%；油相成分包括：目标油脂、辛癸酸甘油酯和油溶性香精；其中辛癸酸甘油酯的质量占油相成分总质量的14.66%至16.2%；水相成分包括：酪蛋白酸钠、水溶性香精和溶剂；其中酪蛋白酸钠的质量占水相成分总质量的0.49%至0.55%。本发明的水包油亚微乳体系载油量高、稳定性好、黏度适宜。