本发明提供一种自动对准系统，包括：对准子部件，包括：第一安装板、第一驱动组件、第二安装板、第二驱动组件和间隔棒销钉植入装置；第一安装板上设有沿第一水平方向延伸的滑轨，间隔棒销钉植入装置可滑动地设置在滑轨上，滑轨靠近间隔棒的一端通过弹性件与间隔棒销钉植入装置连接；第一安装板设置在第一驱动组件上，第一驱动组件用于驱动第一安装板沿与第一水平方向垂直的第二水平方向移动；第一安装板和第一驱动组件均设置在第二安装板上，第二安装板设置在第二驱动组件上，第二驱动组件用于驱动第二安装板沿竖直方向移动。本发明通过自动对准系统用于将间隔棒销钉植入装置与间隔棒对准，保证了安装的效率，降低了人工作业的安全风险。