本发明属于水利工程技术领域，公开了一种长距离调水工程高落差双通道消能系统，设置于发电站与发电站上游引水构筑物之间，包括构筑于发电站与引水构筑物之间的压力蓄水池，压力蓄水池具有池体；在所述压力蓄水池与发电站之间还构筑有发电水流通道和消能水流通道，其中，发电水流通道的两端分别与压力蓄水池的池体和发电站相连，消能水流通道的两端分别与压力蓄水池的池体和发电站的尾水池相连，且在消能水流通道内设有水流消能结构。本发明的压力蓄水池、发电水流通道和发电站可构成发电部分，可实现在长距离调水工程高落差情况下的发电，实现对水能的有效利用。