本申请公开了一种VIP值筛查及其线性判别的雪茄烟叶产地溯源方法及其装置，包括以下步骤：步骤S1：前处理待测样品得到干粉待检样；步骤S2：测定干粉待检样的营养代谢物数据和物元素数据；步骤S3：采用步骤S2中所得数据计算干粉待检样各项物质的VIP值；步骤S4：如果步骤S3中判断结果为是，则待测样品为多米尼加、印尼和国产的雪茄，并按以下式分别计算Y1～Y3；步骤S5：对比待测样品所得Y1～Y3的大小后，输出结果。该方法通过矿物元素和营养代谢产物作为变量，通过筛选出的关键指标，以实现雪茄产地判别。