本发明提供一种电子档案文件快速校验方法，存证阶段将压缩文件包中子文件及子文件夹按名字字符串规则顺序排序同级文件，分配相应的线程资源从文件夹中最下层开始逐级往上计算文件HASH值，构建层HASH文件并关联相关文件保存在当前层，构建HASH目录树，打包生成存档电子档案包；待验证阶段，根据验证阶段排列方式顺序排列文件和拼接字符串，从上往下逐级计算每层子文件夹HASH值，与保存的相应层级HASH文件对比，生成异常文件的层级和位置信息，定位电子档案的变动文件和变动位置。本申请实现电子档案存证可溯源，保证存证电子档案的真实性。