本公开提出一种基于多端口储能系统的调频调峰方法及系统，该方法包括确定时间步长，获取发电机组额定容量和当前时间步长的上一时间步长的历史调频指令；基于历史调频指令和发电机组额定容量得到当前时间步长的调频用电池组数量和调峰用电池组数量；对上一时间步长的调频用电池组和调峰用电池组排列得到目标栈，调频用电池组位于目标栈的栈顶，先按照调峰用电池组数量从目标栈获得当前时间步长的目标调峰用电池组单元，后按照调频用电池组数量从目标栈获得当前时间步长的目标调频用电池组单元；控制目标调频用电池组单元响应获取的实时调频指令，控制目标调峰用电池组单元响应获取的实时调峰指令。根据本公开的方法能够提高储能系统寿命。