本申请涉及钢材材料领域，尤其涉及一种抗菌变色龙复合涂层、彩色钢板及其制备方法和应用；所述复合漆层包括底漆层和覆盖在底漆层上的面漆层，面漆层的原料包括第一油漆基料、第一微球和抗菌物，底漆层的原料包括第二油漆基料、第二微球和颜料，第一油漆基料和所述第二油漆基料的化学成分不同；所述彩色钢板包括基材钢板和复合涂层；采用包括面漆层和底漆层的复合涂层，利用面漆层的第一微球和底漆层的第二微球的化学成分不同，同时利用第一油漆基料和第二油漆基料之间的配合，并且在面漆中加入抗菌物，能在不影响变色龙彩色钢板变色的基础上，提高面漆的抗菌性能。