本发明公开了一种轨道交通清分系统及方法，该系统包括票务平台和换乘业务登记平台；票务平台在判断行程为换乘行程时将目标用户的联系方式数据和进出站数据发送至换乘业务登记平台；换乘业务登记平台根据联系方式数据和进出站数据获取行程内的位置信息确定换乘站点数据并发送至票务平台；票务平台根据换乘站点数据和进出站数据确定行程路径，按预设计费规则确定行程费用并进行资金清分。由于本发明在判断行程为换乘行程时，通过换乘业务登记平台记录的位置信息可精准确定目标用户的行程路径，解决了在现有的城际轨道运行中运营企业难以确定乘客行程段的难题，从而可以基于行程路径精准计算价格进行资金清分，降低了城际轨道运营的资金损失风险。