本发明公开了一种退化山地生态系统的修复方法，尤其涉及利用根茎类中药材进行退化山地生态系统的修复方法。该方法包括：对乔灌木林间伐处理，对间伐区域内风化岩体破碎，精准播种以及种植养护。本发明的修复方法主要适用于土层浅薄、风化岩体较厚的石质山地，特别是坡地岩土水分调节能力偏低、参与坡地水循环的土层厚度不足、坡地降雨再分配主要以地表径流与壤中流为主的地区。采取物理与生物相结合的方式，在风化岩体物理破碎成碎屑岩的基础上，充分发挥根茎类中药材在碎屑岩成土与土壤熟化过程中的生物调节作用，提升土壤的生物活性，实现退化石质山地生态修复与水源涵养的目的，同时带来了很好的经济效益。