本发明公开了一种抗菌电子烟储油棉的制备方法，首先将有机抗菌剂与亲水聚酯以预定比例共混制备得到抗菌亲水聚酯，再以低熔点聚酯为皮层，抗菌亲水聚酯为芯层，利用双组分熔融纺丝技术制备得到异形皮芯结构纤维，经熔融、冷却定型、裁切得到储油棉。通过添加一定比例的有机抗菌剂可以使储油棉具备良好的抗菌性能，从而增加电子烟的保存期，避免出现现有储油棉因长期浸泡与烟油中此生细菌导致危害人体健康的问题。本发明的抗菌电子烟储油棉的制备方法，工艺简单，与现有的储油棉制备方法相比，本发明能制备得到具有良好抗菌性能且储油率和锁油率明显提升的储油棉，可满足电子烟的储油率、锁油率、使用寿命以及安全性的需求。