本发明涉及热工行业氢能燃料应用技术领域，具体涉及一种浮法玻璃熔窑利用氢能燃烧的燃料控制系统及方法。本发明通过将燃料系统细分为三级燃料供给组块，通过一级组块控制天然气燃料气源，然后通过二级组块控制燃料掺氢比例，再通过三级组块对进入玻璃熔窑燃烧的燃料进行流量、压力调节控制，能够精准、有效地对玻璃熔窑利用氢能燃烧实现降低CO2排放过程中的火焰气氛进行控制；本发明适用性广泛，为氢能在浮法玻璃熔窑的高效利用提供了具体的技术方案，在以天然气为燃料的浮法玻璃熔窑中，无论是采用底烧方式，还是侧烧方式都可以采用此方案。