本发明涉及环境保护技术领域，公开了一种堆肥腐殖质微生物菌剂及其应用，该菌剂采用如下步骤制备：S1：制备木屑、新鲜牛粪；S2：堆肥制备混合腐殖质；S3：分离混合腐殖质；S4：制备Y17菌液；S5：制备微生物降解菌剂；其应用为降解有机污染物：向含有有机污染物TBBPA的土壤或者水体中，播施所述的降解菌剂，吸附、降解土壤或者水体中的有机污染物TBBPA。本发明的微生物菌剂能够同时应用于土壤或水体中TBBPA的降解，并且能够支持同步进行植物生态修复，使生态修复的速度加快、时间缩短、持续修复作用时间加长，能满足多种有机环境污染物的生态治理需求，大量利用果木枝条等农林废弃物、降低综合治理成本。