本发明公开了SlPRMT5基因及其蛋白在调控番茄果实产量中的应用。本发明的开放阅读框DNA序列如SEQ ID No.1所示，其编码的蛋白质的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明首次从番茄基因组中克隆到番茄SlPRMT5基因，并验证了其功能。与野生型相比，SlPRMT5过表达的番茄坐果率更高，且具有较大体积的果实，而slprmt5的植株虽然具有更多的开花数量，但是其坐果率均较野生型较低，且体积较小。由此可知，本发明所建立的一种番茄SlPRMT5基因及其蛋白在调控番茄坐果与果实大小的方法在调控番茄果实坐果与果实体积大小方面起着重要的作用，对于提高果实的产量与质量具有重要的指导意义。本发明具有极大的经济作用育种应用前景和经济价值。