本发明公开了一种山区高速深水裸岩地质桩基施工方法，该在河床底部对应位置先放置大孔径钢护筒，然后用钻机在大孔径钢护筒导引下进行水中桩基的桩孔施工，施工完成后然后采用标准孔径钢护筒扣插在大孔径钢护筒的上端部，相邻标准孔径钢护筒之间固定连接，并使得最后一根标准孔径钢护筒伸出水面，然后依次进行水中桩基的钢筋施工和混凝土浇筑施工，本发明提高了施工安全性，具有安全、经济、环保的特点，经济、进度和社会效益明显，具有较好的推广应用价值。