本发明公开了一种抗干扰磁阻多层膜标定系统及其标定方法，该系统包括：两个三维亥姆霍兹线圈、三轴磁通门磁强计、转换电路以及控制装置；控制装置检测到三轴磁通门磁强计输出的反馈电压为零时，激励第二三维亥姆霍兹线圈产生激励磁场，采集待测磁阻多层膜在激励磁场下的输出电压，进行标定。通过嵌套两个三维亥姆霍兹线圈，并利用高灵敏度的磁通门磁强计监测地磁场干扰，通过第一三维亥姆霍兹线圈提供负反馈磁场抵消地磁场的干扰。通过第二三维亥姆霍兹线圈提供激励磁场，测试标定待测的磁阻多层膜。还可以从任意方向抵消外界地磁场的干扰，避免磁屏蔽筒的轴向屏蔽效果差的缺陷，且无需建设大型磁屏蔽室即可实现高灵敏度磁阻多层膜的标定。