本发明涉及FPGA加速及数据包处理技术领域，特别涉及一种基于FPGA的多路选择器同步工作系统及方法。本发明系统包括：仲裁器模块、广播器模块和多路选择器模块；其中，仲裁器模块用于根据当前有效的输入通道生成控制消息；广播器模块用于将控制信息分发到多个多路选择器模块；多路选择器模块用于根据控制消息分别将当前通道的数据流同步选择输出，实现多组数据流的同步汇集。本发明方法包括：仲裁器模块根据当前有效的输入通道生成控制消息；广播器模块将控制信息分发到多路选择器模块；多个多路选择器模块根据控制消息分别将当前通道的数据流同步选择输出，实现多组数据流的同步汇集。本发明通过配置实例化参数可以适配不同的应用场景。