本发明公开了一种中药材灭菌设备，包括箱体和若干个设置在其内部的电加热元件，箱体顶部设有若干个放料口以及一个出料口，还包括：遮挡装置，设置在箱体上用于对若干个放料口遮挡使箱体相对密封；若干个大小不同的支撑杆，每组支撑杆均可转动地设置在箱体上，且每组支撑杆彼此之间的距离从竖向方向依次从大到小排列，支撑杆内部中空且一侧倾斜的设有出气槽；若干个驱动装置，用于驱动每组支撑杆在箱体内转动；若干个挡板，设置在支撑杆上方；皮带传送机构；侧箱；供气装置。本发明中，能自动对中药材分层加热灭菌处理，且中药材在受热过程中位置能不断变化，使受热更均匀，灭菌效果更好，同时能对中药材含有的杂质进行过滤处理。