本发明公开了一种用于鉴定斜带石斑鱼的引物及其应用，所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:5～6所示；所述应用为在鉴定斜带石斑鱼中的应用。本发明提供的分子特异性标记引物可对斜带石斑鱼进行快速的分子鉴定，方法简单，准确性好，灵敏度高，是形态特征辨别斜带石斑鱼的有效辅助手段。相比传统调查方法由于生物残缺不全无法进行有效的鉴定，本发明的检测方法仅需要采集环境样本，通过检测环境中是否存在斜带石斑鱼的D‑loop区片段即可鉴定是否存在斜带石斑鱼，对生态系统造成的破坏性小，有利于斜带石斑鱼的快速鉴定，在斜带石斑鱼的种质资源多样性保护以及种质生态调查中有广泛的应用前景。