一种鉴别红松无性系的SSR标记引物组及指纹图谱的构建方法和应用，它涉及SSR分子标记技术领域，本发明提供了SSR标记引物组，并基于其构建指纹图谱：(1)红松总DNA提取，(2)利用SSR引物进行PCR扩增，(3)PCR扩增产物毛细管电泳，(4)指纹图谱构建；其中：步骤(2)利用公开的11对SSR引物进行红松DNA的PCR扩增，所得产物经毛细管电泳检测所得的带型结果，组合形成每个无性系的SSR指纹图谱，根据指纹图谱的差异，再区分无性系。本发明可以快速、准确、高效的从分子水平为红松无性系鉴定、良种选育和遗传改良提供可靠的依据，为中国红松遗传资源保存、评价与利用提供参考。