一种打印头清洗系统及其清洗方法，属于增材制造技术领域，用以解决增材制造设备打印头喷射口堵塞问题，包括由若干喷头组成的打印头和安装座，所述安装座设置在所述喷头下方，所述喷头与所述安装座形成用以容纳清洗液料的清洗腔，每个所述喷头上均设有进液口、出液口和喷射口，所述安装座底部还设有排液口，所述进液口、出液口、喷射口和排液口实现对所述打印头的各种方向的循环清洗。通过设置专门的打印头清洗系统，实现了打印头的彻底清洗和维护，用以3D打印设备维护保养时打印头的内部清洗、喷射口清洗和进出口清洗等。