本发明涉及通过包埋颗粒短程硝化处理低浓度氨氮废水的方法，包括：向好氧池内投加清水，并根据好氧池容积计算并投加未激活包埋颗粒；配制待处理废水，所述待处理废水为氯化铵溶液、磷酸二氢钾溶液和碳酸钠溶液的混合液体；将所述待处理废水注入好氧池内，并开启曝气，快速激活包埋颗粒；提高所述待处理废水中的NH4+‑N浓度，好氧池内曝气采用间歇式曝气方式，维持包埋颗粒短程硝化运行稳定性。本发明的有益效果是：本发明采用以NH4+‑N为唯一氮源的废水进行驯化，除了磷源和碱外不投加其他有机物，该方法能有效减少异养菌的增值，使自养的氨氧化菌快速富集。