本发明公开了一种微服务的运行控制方法及系统，包括：平台侧系统基于密钥管理模块生成公钥和私钥，并将所述公钥发送至省侧系统；平台侧根据所述私钥基于数字签名模块进行数字签名，获取签名证书，并将所述签名证书和微应用程序发送至省侧系统；省侧系统根据所述公钥对所述签名证书进行合法性验证，获取合法性验证结果；当所述合法性验证结果指示通过合法性验证时，基于所述微应用程序在省侧系统注册中心进行注册，以使得所述微应用能够正常运行。本发明平台侧系统通过签名功能调用签名算法对开发的各类微服务进行数字签名，并对微服务程序运行的合规性进行权限控制，提高工作效率，节约大量的人力资源和成本，具备较强的适用性。