本发明公开了一种基于量子动态令牌的身份认证方法及系统。方法包括：用户登录成功后，服务器生成量子令牌并将测试粒子插入令牌中，将带有测试粒子的量子令牌发送给用户；用户收到量子令牌后，根据预共享的第一秘密字符串S1测量相应基的测试粒子，检测通道中是否存在窃听者，并验证服务器的身份；当用户再次访问服务器时，根据预共享的第二秘密字符串S2将测试粒子插入量子令牌，将量子令牌和测试粒子发送到服务器；服务器收到量子令牌后，根据S2通过测量具有相应基的测试粒子来验证用户的身份；并使用量子单向函数和交换测试确定是否接受令牌。本发明利用量子态来传递信息，极大提高安全性。